二世帯住宅の敷地は、小規模宅地等の特例（自宅の評価額を330㎡まで80%減額）を使えるかどうかで相続税額が数百万円〜数千万円変わることがあります。ポイントは建物の「構造」ではなく「登記の形態」です。
判断基準は「区分所有登記」の有無
2014年（平成26年）の税制改正により、二世帯住宅の内部で行き来できるかどうかにかかわらず、建物が「区分所有登記」されていなければ、親世帯・子世帯どちらの居住部分に対応する土地も特例の対象になることになりました。逆に、区分所有登記がされている場合は、被相続人（親）が居住していた部分に対応する土地しか特例の対象になりません。
二世帯住宅の3つの登記パターン
登記の形態 | 内容 | 特例の適用 |
|---|---|---|
単独登記 | 建物全体を親または子1人の名義で登記 | 敷地全体に適用可 |
共有登記 | 親子で持分を分けて共同名義で登記 | 敷地全体に適用可 |
区分所有登記 | 1階・2階を別の建物として親・子それぞれの名義で登記 | 親の居住部分に対応する敷地のみ |
建物内部で行き来できない完全分離型（玄関が別）であっても、単独登記または共有登記であれば、建物内部で行き来できる非分離型と同様に敷地全体に特例を適用できます。逆に、行き来できる非分離型の二世帯住宅であっても、区分所有登記がされていれば特例の対象は親の居住部分のみに限られます。「構造」ではなく「登記」で判断される点が、多くの人が誤解しやすいポイントです。
区分所有登記かどうかの確認方法
固定資産税の納税通知書で確認できます。区分所有登記の場合、親と子それぞれに別々の納税通知書が送られます（同じ人が両方を所有していても、家屋番号が2つあれば区分所有登記されています）。共有登記の場合は、1通の通知書に「納税者 ○○様（他1名）」のように記載されます。
計算例
土地面積200㎡、評価額1億円、単独登記の二世帯住宅で、父（被相続人）と長男（相続人）が同居していたケースでは、特例により80%減額され、評価額は2,000万円まで圧縮されます。仮にこれが区分所有登記（1階：父、2階：長男）だった場合、長男が相続する2階部分に対応する敷地には特例が適用できず、評価額の圧縮効果を得られません。同じ広さ・同じ間取りの家でも、登記の形態だけで納税額に大きな差が生じます。
区分所有登記を解消する方法
既に区分所有登記になっている場合、相続開始前に次の方法で解消しておくことが対策になります。
- 子名義部分を親名義に変更する（売買または贈与）
- 2つの区分建物を「区分合併登記」により1つの建物として登記し直す
ただし、区分所有登記には親子それぞれが住宅ローン控除を受けられるという税務上のメリットもあるため、将来の相続税負担の見込みと合わせて、建築・登記の段階で慎重に検討することが重要です。
その他の適用要件
区分所有登記でないことに加え、相続税の申告期限（10ヶ月）まで、相続人がその宅地を所有し続け、かつ建物に居住し続けることも要件です。相続税申告後すぐに転居すると、一時的な同居とみなされ特例が否認されるリスクがあるため注意が必要です。
実務のポイント
これから二世帯住宅を新築する場合は、区分所有登記を避けることが最も重要な相続税対策になります。既に区分所有登記されている二世帯住宅を保有している場合は、登記の解消方法や、住宅ローン控除とのトレードオフも含めて、早めに専門家に相談することをおすすめします。